Como órgano máximo entre Asambleas, es el encargado de desarrollar las resoluciones aprobadas por la Asamblea.

Está constituido por 54 miembros, que son los de la Comisión Ejecutiva, cuya Presidencia y Vicepresidencias lo serán, por su orden, también del Consejo, y 27 miembros más elegidos/as por la Asamblea General de entre las entidades asociadas titulares.    

Además del cumplimiento de las resoluciones de la Asamblea y de los fines estatutarios, son competencias del Consejo aprobar el Reglamento de Régimen Interior y el de la Asamblea, las cuotas anuales, los presupuestos ordinarios y las cuentas generales; decidir sobre aquellos asuntos que por su urgencia no puedan ser presentados a la Asamblea General, sin perjuicio de dar cuenta a ésta cuando se celebre y cubrir las vacantes que se produzcan en el Consejo y en la Comisión Ejecutiva.

Desarrolla las actuaciones generales de la Federación mediante el cumplimiento de los acuerdos de la Asamblea General y del Consejo, para lo cuál tiene las atribuciones establecidas en los Estatutos o Reglamento de Régimen Interior y, con carácter residual, todas aquéllas no atribuidas expresamente por ellos a dichos órganos.

Sus miembros serán elegidos/as por la Asamblea General de entre las entidades asociadas  titulares de la Federación y deberán ostentar la Presidencia de su Corporación. Está constituida por 27 miembros, la Presidencia y siete Vicepresidencias por su orden.

La Comisión Permanente está compuesta por la Presidencia y Vicepresidencias. Impulsará y coordinará los trabajos de la Comisión Ejecutiva.

SECRETARIA GENERAL: Dña. Teresa Muela Tudela

Ostenta la representación ordinaria de la FAMP; se elegirá por la Asamblea General de entre las entidades asociadas titulares y deberá ostentar en todo momento la Presidencia de su Corporación. Sus atribuciones son las reguladas en los Estatutos, pudiendo delegar algunas de ellas conforme establecen los mismos. Representa legalmente a la Federación a todos los efectos, convoca y preside las sesiones de la Asamblea General, del Consejo y de la Comisión Ejecutiva.

El Presidente de la Federación es D. Fernando Rodríguez Villalobos.

Son atribuciones de la Secretaría General   la función de jefatura de los servicios administrativos de la Federación, la jefatura de personal, la representación en el giro o tráfico mercantil, la secretaría del Consejo y de la Comisión Ejecutiva, la coordinación de las Comisiones de Trabajo Sectoriales y de las Secciones o Comités (Redes) y aquellas otras funciones que se le atribuyen en los Estatutos, bajo la dependencia y control de la Presidencia  y de la Comisión Ejecutiva. 

La Secretaria General de la Federación es Dña. Teresa Muela Tudela.

Los Estatutos de la FAMP prevén la constitución de Comisiones de Trabajo Sectoriales para la elaboración de estudios y formulación de propuestas sobre cuestiones directamente relacionadas con los fines de la FAMP. Serán constituidas por la Comisión Ejecutiva y presididas por un miembro de ésta o de una Corporación asociada que aquélla designe. La Secretaría General coordinará su funcionamiento.

Por acuerdo de la Comisión Ejecutiva, se pueden crear en el seno de la FAMP Secciones o Comités formados por asociados que se agrupen en torno a un interés específico. Actualmente son 8 las Redes de Municipios, a continuación se detallan:

• la Red Andaluza de Ciudades Saludables (RACS)
• la Red Andaluza de Desarrollo Local (RADEL)
• La Red de Ciudades Sostenibles de Andalucía (RECSA)
• Red Andaluza de Municipios Libres de Violencia Contra las Mujeres (RAMLVCM)
• Red Andaluza de Compra Pública Sostenible (RACPS)
• Red de Municipios contra la Estacionalidad Turística (RMET)
• Red de Ciudades EDUSI de ANDALUCIA (RACC-EDUSI)
• Red Andaluza de Ciudades Participativas (RACCPP)